Atlas es un equipo con mucho historia en la Liga MX, su cantera es de las prestigiosas y productivas del balompié azteca, hasta el punto en que algunos de sus mejores futbolistas en su historia pasaron por la academia. En su defensa han contado con un grupo muy especial de futbolistas, liderados por el canterano por excelencia del club.
Rafael Márquez
El cinco veces mundialista es producto del trabajo de fuerzas básicas del Atlas. Márquez debutó en 1996 con los Rojinegros pero se despidió apenas tres años después para comenzar su historia por Europa con el Mónaco, misma que lo llevaría al Barcelona. Tras pasar por la MLS, la Serie A e incluso regresar a la Liga MX, pero con León, el "Kaiser Mexicano" finalmente regresó a casa en 2016, donde permaneció hasta su retiro en 2018. Con más de 100 juegos disputados en la institución y como uno de los mejores futbolistas mexicano de todos los tiempos, lidera el listado sin duda.
Héctor Chumpitaz
El peruano solo pasó dos años en Atlas, pero en cuanto a talento, hay pocos zagueros con su prestigio que hayan jugado en México. Chumpitaz es considerado uno de los mejores defensores sudamericanos de la historia y fue campeón de la Copa América, además de dos veces mundialista, anotando un gol en México 70. Asimismo, la FIFA lo nombró dentro de los 100 mejores jugadores en las Copas del Mundo, en un listado publicado en 2018.
Felipe Zetter
El zaguero es parte del equipo que ganó el único título de liga en la historia del club y además, levantó los trofeos de Copa México de 1945-46, 1949-50 y el Campeón de Campeones de las mismas temporadas, sumado al de la campaña 1950-51. De igual manera, fue convocado a la Copa del Mundo de Brasil 1950. Zetter es considerado por los Rojinegros y sus seguidores como una leyenda dentro del mismo.
Ignacio Jauregui
El lateral mexicano fue considerado en la década de los 60's como uno de los mejores en el país en su posición. Su capacidad para ir al frente fue una de sus principales virtudes. Su calidad le permitió asistir a los mundiales de Chile 62 e Inglaterra 66, formando parte de la gran historia de canteranos Rojinegros.
Jesús del Muro
El central del Atlas en la década de los 60's y quien al igual que Jauregui se convirtió en un constante en las convocatorias de la Selección Mexicana. Pasó 11 años con los Rojinegros, antes de pasar por Veracruz, Toluca y Cruz Azul, siendo campeón en este último. Muro fue tres veces mundialista (Suecia 58, Chile 62 e Inglaterra 66). También era canterano del club.