Con un emotivo video, el ex jugador de la "Maquina" Gerardo Flores, anunció su retiro de las canchas. En el año 2007 debutó en primera división de la mano de Miguel "El Piojo" Herrera con el equipo de Monterrey.
Después de que Rayados no requirió más sus servicios, fue contratado por Jaguares de Chiapas, donde se convirtió en un referente del equipo.
En 2010 pasa a formar parte del Atlas de Guadalajara en una segunda etapa, sin tener éxito alguno. En el Apertura 2011 Cruz Azul hace válida la compra del jugador donde tuvo su mejor etapa como futbolista y también pasó la peores.
En 2016 tuvo un paso por el Club Toluca, de nuevo sin tener alguna situación destacable y regresó a su último club, Cruz Azul en 2017.
Tras dos años de no consolidarse en la "Maquina", sumados a dos años de inactividad profesional, Gerardo El "Jerry" Flores anunció su retiro a la edad de 35 años.
El jugador comentó acerca de las dos finales que perdió en contra del Club América y cómo marcaron su carrera futbolística, la del 2018 incluso fue su ultima convocatoria al primer equipo, partido donde no jugó, pero salió expulsado:
“Las dos fueron complicadas. Me formaron un carácter y pulieron lo que ahora soy. Las dos son muy dolorosas, pero eso me motiva para mi siguiente etapa que es ser entrenador y quiero salir campeón con Cruz Azul como estratega.”
